Er ist Inhaber der Forschungsprofessur Extremismus und Extremismusresilienz an der Hessischen Hochschule für öffentliches Management und Sicherheit (HöMS). Er ist Leiter der Forschungsstelle Extremismusresilienz an der Hochschule sowie Leiter der Forschungsgruppe Radikalisierung am Leibniz Institut für Friedens- und Konfliktforschung (PRIF). Er leitet zahlreiche deutschlandweite und internationale Forschungsverbünde und Wissensnetzwerke unter anderem in den Themenfeldern Radikalisierungs- und Extremismusforschung, Radikalisierung auf digitalen Plattformen und Evaluation und Qualitätssicherung in der Extremismusprävention, Demokratieförderung und politischen Bildung.
Junk bezieht Stellung zu Zeichen und Sprachgebrauchen im Bereich Extremismus.